วัชพืชส่วนใหญ่กระจายพันธุ์ด้วยเมล็ด ซึ่งสามารถแพร่กระจายไปได้ โดยมี ลม น้ำ คน และสัตว์เป็นเครื่องช่วยทำให้กระจายไปได้ไกลๆ และรวดเร็ว แต่วัชพืชบางชนิดไม่ได้กระจายพันธุ์ด้วยเมล็ด เช่น แห้วหมู ใช้หัวและไหลขยายพันธุ์
เมล็ดวัชพืชบางชนิดมีน้ำหนักเบา บาง ชนิดมีขนหรือปีก โดยที่ผนังเมล็ดแบนแผ่ออกไปคล้ายปีก ลักษณะเหล่านี้ ช่วยทำให้เมล็ดปลิวไปตามลมได้รวดเร็วและไปได้ไกล เช่น เมล็ดต้นขจรหรือต้นรัก มีขนเป็นพู่ลอยตามลมไปได้
เมล็ดวัชพืชทั้งที่เป็นไม้น้ำ และไม้บกจะลอยไปตามน้ำ เมื่อน้ำไหลจะพาเอาเมล็ดหรือหัวและไหลของวัชพืชไปด้วย โดยเฉพาะอย่างยิ่งคลอง หรือคูส่งน้ำจะพาเมล็ด และส่วนของวัชพืชไปได้ง่าย
พวกสัตว์ที่และเล็มหญ้าเป็นอาหารนั้นจะบริโภคเมล็ดวัชพืชเข้าไปด้วย และเมื่อสัตว์ถ่ายมูลออกมา เมล็ดวัชพืชยังสามารถงอกได้ เป็นการช่วยแพร่กระจายพันธุ์ และบางครั้งเมล็ดวัชพืชจะติดไปกับขนสัตว์ หรือกีบสัตว์
เป็นปัจจัยสำคัญที่ช่วยในการแพร่พันธุ์วัชพืช และแพร่ไปได้ในระยะไกลๆ เสียด้วย ในสมัยโบราณการคมนาคมยังไม่สะดวกก็แพร่ไม่ไกลนักคงแพร่กระจายเฉพาะภายในประเทศ หรือประเทศใกล้เคียง บางครั้งเมล็ดวัชพืช อาจจะติดไปกับเสื้อผ้าได้เป็นอย่างดี เช่น หญ้าเจ้าชู้ติดตามขากางเกง ปัจจุบันการคมนาคมสะดวกสบาย สามารถติดต่อกันได้รอบโลก การเกษตรพัฒนาขึ้น มีการแลกเปลี่ยนเมล็ดพันธุ์ เพื่อการปรับปรุงพันธุ์พืช มีการนำพืชจากที่ต่างๆ เข้ามาทดลองปลูก เช่น หญ้าขจรขบ นำมาจากอินเดีย เพื่อใช้ทดลองปลูกเป็นอาหารสัตว์ ผักตบชวา และต้อยติ่ง ซึ่งมีดอกสวยงาม จึงนำเข้ามาปลูกเป็นไม้ประดับ ผักตบชวานั้นมีถิ่นกำเนิดอยู่ในบราซิล อเมริกาใต้ ดังนั้น จะเห็นได้ว่าวัชพืชเหล่านี้ มิใช่พันธุ์ไม้ดั้งเดิมของไทย แต่มาจากต่างประเทศจนปัจจุบันกลายเป็นไม้พื้นเมือง มีวัชพืชอีกหลายชนิดติดเมล็ดพืชปลูก และมนุษย์จงใจนำมาจากต่างประเทศได้กลายเป็นวัชพืช โดยเฉพาะพืชตระกูลหญ้าที่นำเข้ามาเป็นอาหารสัตว์ พันธุ์ไม้น้ำจะแพร่พันธุ์ได้รวดเร็วมาก ดังนั้น การนำพันธุ์ไม้เข้าประเทศควรไตร่ตรองให้ดี บางครั้งเมล็ดวัชพืชจะติดไปกับดินที่มนุษย์ขนเคลื่อนย้าย เช่น หญ้าขจรจบขึ้นแถบศรีราชา เพราะเมล็ดติดมากับดินลูกรังที่ใช้ถมที่นั้น โดยนำมาจากสระบุรี ซึ่งเป็นท้องที่ที่มีหญ้าขจรจบขึ้นหนาแน่น ปัจจุบันหญ้าขจรจบแพร่กระจายทั่วประเทศไทย บางครั้งเมล็ดวัชพืชติดไปกับล้อรถไถ ล้อเกวียน รถแทรกเตอร์ รวมทั้งเครื่องใช้ต่างๆ ในการเกษตร